Sasuke est un ninja du village de Konoha au caractère particulièrement calme, hautain et froid. Il doit faire équipe avec Naruto Uzumaki, avec qui il entretient vite une relation de rivalité et d'amitié à la fois, et Sakura Haruno, qu'il méprisait au début mais qui au fur et à mesure va devenir une amie. Tous trois apprennent les arts ninja sous l'autorité de Kakashi Hatake.
Sasuke possède une technique d'½il innée (dojutsu), le Sharingan. Ce dernier lui permet d'anticiper instantanément et de copier à la perfection les mouvements et les techniques de ses adversaires. Il est aussi très bon technicien de Taijutsu, et possède un excellent sens tactique.
Froid, distant et détaché, son seul objectif est de venger sa famille le Clan Uchiwa, exterminée par son grand-frère Itachi, alors que Sasuke n'était encore qu'un enfant, prétendument pour "évaluer son potentiel".
Ce qui suit dévoile des moments clés de l'intrigue.
La raison véritable du massacre est que le clan était sur le point de faire un coup d'état auquel Itachi était opposé. Désireux de maintenir la paix entre son clan et son village, le jeune homme joue les agents-doubles au profit du Conseil de Konoha et de l'Hokage. Arrivé à un point où d'éventuelles négociations ne pouvaient plus calmer les deux partis en présence, ces derniers ordonnent à Itachi d'exterminer les membres de son clan. Seul le petit Sasuke sera épargné, à la demande expresse de son grand frère.Alors que Sasuke et son équipe participaient à l'examen chūnin, un personnage nommé Orochimaru survint et lui appose un sceau maudit.
Naruto Uzumaki va partir à la recherche du 5ème Hokage, et à son retour, Sasuke va prendre conscience de la fulgurante progression de son ami/rival. De plus, confronté à son frère, Sasuke va réaliser son manque considérable de puissance par rapport à lui. Plongé dans un profond désarroi et en proie à une profonde amertume, il se "laissera" piéger par Orochimaru, qui lui avait préalablement apposé son sceau (provenant d'une technique interdite), dans l'espoir de vaincre son frère, et ce à n'importe quel prix, même celui de donner son corps à Orochimaru.
Dans la saison 2, Sasuke, devenu très puissant, se défait de l'emprise d'Orochimaru pendant le rituel de transfert d'âme et parvient à piéger le Sannin dans son corps. Après ça, il libère les cobayes qui étaient prisonniers dans les planques d'Orochimaru et en choisit 3 pour faire équipe avec lui (cette nouvelle équipe s'appellera Hebi, composée de Jûgo, Karin et Suigetsu ) dans l'espoir de retrouver son frère et de le vaincre définitivement. Deidara se mettra en travers de sa route mais se fera finalement vaincre par l'Uchiwa.
Suite à un bref repos, il partira défier Itachi dans le temple des Uchiwa. Bien que théoriquement moins fort que son frère (selon ce dernier) car il ne possède pas le Mangekyō Sharingan, Sasuke réussit à lui tenir tête. Alors qu'il est sous l'emprise d'Itachi qui a utilisé son Susanoo pour se protéger du Kirin de Sasuke et prendre l'avantage du combat, Itachi s'écroule soudainement juste après lui avoir transmit Mangekyō Sharingan avant de mourir. Zetsu informe ensuite Madara de la victoire de Sasuke (et aux ninjas de Konoha qui combattaient Madara) et tous les deux partent récupérer les corps de Sasuke inconscient et d'Itachi mort.
Madara raconte ensuite à Sasuke qu'Itachi voulait le protéger en lui transmettant le pouvoir du Mangekyō Sharingan, ceci dans le but de tuer Madara et protéger par la même occasion son petit frère de la vérité sur le massacre du clan Uchiwa que Madara pourrait lui raconter. La technique qu'a utilisée Itachi est inconnue jusqu'à présent mais il semblerait que le simple fait d'avoir touché Sasuke sur le front avant sa mort lui ait transmis Amaterasu pour qu'il se déclenche automatiquement à la vue du Sharingan de Madara.
Madara nous apprend qu'Itachi avait déjà prévu de combattre Sasuke et de mourir de ses mains pour que son jeune frère puisse obtenir le Mangekyō Sharingan. Puis il informe à Sasuke qu'Itachi a déchainé les pouvoirs du Mangekyō Sharingan sur lui pour le pousser aux bouts de ses forces afin que Sasuke se libère de l'emprise d'Orochimaru. Ainsi, Itachi pouvait se débarrasser du Sanin Légendaire et libérer Sasuke du Sceau Maudit du Ciel avec son ultime jutsu (Susanoo). D'après Madara, si Itachi avait vraiment voulu tuer son jeune frère, Sasuke serait effectivement mort et le fait de prétendre vouloir prendre les yeux de Sasuke pour s'éveiller au Mangekyō Sharingan Éternel comme le fait d'accuser Madara d'être derrière l'attaque de Kyūbi sur Konoha il y a 16 ans étaient des mensonges.
Madara ajoute qu'Itachi aurait rejoint l'Akatsuki après le massacre du clan Uchiwa dans le but de surveiller de l'intérieur la dangereuse organisation. Ensuite Madara dit à Sasuke que si Itachi a réussi à se débarrasser de tout sentiment pour tuer tous ceux qui lui étaient proche pour la paix de Konoha, il n'a pu se résigner à tuer son jeune frère car pour Itachi, Sasuke est encore plus important à ses yeux que Konoha. C'est pourquoi, il voulait toujours rendre Sasuke plus fort en le poussant à le haïr et à chercher la puissance pour non seulement mourir de la main de son jeune frère afin d'expier sa culpabilité du massacre des Uchiwa mais aussi, par la même occasion, pour que Sasuke venge le clan Uchiwa et passe pour un héros aux yeux de Konoha bien qu'Itachi se savait condamner à mourir par sa maladie.
D'ailleurs, d'après Madara, pour être sûr de ne pas mourir avant son combat planifié par ses soins avec Sasuke, il prit toutes sortes de médicaments pour rester en vie et même s'il savait qu'il serait diminué pour le combat fratricide.
A présent que Sasuke connait la vérité sur Itachi, le jeune Uchiwa dissout son groupe Hebi pour former une nouvelle équipe nommée Taka (faucon) qui associe les anciens membres d'Hebi et Madara Uchiwa d'Akatsuki et dont le seul but est de se venger en tuant les dirigeants de Konoha. Par ailleurs Sasuke semble croire complètement l'histoire d'Itachi et des Uchiwa que Madara lui a raconté. Et bien qu'il connaisse à présent les idées et les aspirations de son grand frère, Sasuke compte suivre son propre chemin et faire revivre le Clan Uchiwa à sa façon. Sasuke avouera à Madara qu'en réalité, il ne veut pas tuer seulement les dirigeants, mais détruire totalement Konoha. Taka s'associera avec Akatsuki (on les voit d'ailleurs avec la robe d'Akatsuki) et leur travail sera de capturer Hachibi, et en échange ils seront aidés par Akatsuki pour détruire Konoha. Taka attaquera Hachibi, mais ils seront dépassés par la puissance de leur adversaire qui força Sasuke à utiliser l'Amaterasu. Il captura Hachibi, avec Suigetsu en très mauvais état et Karin le dos brûlé par les flammes noires, mais se rendirent compte plus tard qu'il ne s'agissait que d'un tentacule transformé. Le Raikage, le frère de Hachibi, tomba aussi dans le panneau et envoya un homme chercher le repère de Taka et sauver Hachibi, mais celui-ci sera tué par Taka.
L'ensorcellement dont Sasuke est victime est un sceau qu'il a reçu par Orochimaru durant l'examen pour devenir chūnin. Ce sceau apposé par une technique de Jūin jutsu, dérivé du Fūin jutsu, se nommerait le "Kubiwa" (la morsure du Serpent). Orochimaru appose sur ses fidèles (ou ceux qui vont le devenir) différents types de sceaux. Nous savons, par exemple, que celui apposé sur Kimimaro est un sceau type Terre, tandis que celui de Sasuke est un Ciel ; ces deux sceaux étant d'ailleurs les plus puissants.
Lorsque Sasuke reçoit ce sceau, il est alors au niveau 1. Il s'en sert pour la première fois lors de la seconde épreuve de l'examen sélectionnant les futurs ninjas moyenne classe. Son corps se recouvre alors de motifs noirs en forme de flammes. Ce sceau passe au niveau 2 quand il avale le seishingan, une pilule capable de faire progresser le niveau du sceau maudit. Cette fois-ci il s'en sert pour la première fois contre Naruto. Sasuke voit sa quantité de chakra augmenter davantage, et ce, de manière encore plus impressionnante et dangereuse qu'avec le premier niveau de la Marque. Il ressemble à un monstre doté de deux grandes ailes en forme de main lui permettant de voler, lui apportant aussi une protection. Ses cheveux s'allongent et se teintent en bleu, et il a une étoile noire à quatre branches sur le nez, ses lèvres sont bleues, il a des griffes et tout son corps est gris foncé avec une touche violacée. La puissance du deuxième niveau de Ten Kubiwa (Sceau du Ciel) est telle qu'elle parvient même à battre Naruto lorsque celui-ci est possédé par la première queue de Kyūbi.
Plus tard, dans la deuxième partie du manga, il utilise son sceau pour se battre contre Orochimaru. Jûgo nous apprend qu'on peut se transformer partiellement au niveau 2 mais pour ce faire il faut avoir un excellent contrôle du sceau maudit, exploit que seul Sasuke a réussi à imiter. À partir du chapitre 396, il perd son sceau maudit après son combat avec son frère et cet événement est confirmé dans le chapitre 401 où une image montre l'épaule de Sasuke sans le sceau. De plus, durant son combat contre Hachibi, Jûgo lui demande de se ménager et de ne pas oublier qu'il n'a plus le sceau. Cela n'empêche pas qu'étant compatible avec les cellules de Jûgo (puisque Sasuke avait survécu à l'application du Kubiwa), ce dernier peut le soigner en lui en transférant la quantité adéquate...
